Patchlinerは二つのソフトウェアにより動作します。PatchControlHTは分注機の動きと実験ワークフローのコントロールを行い、PatchMasterが電気生理学的な測定を行います。PatchControlHTは初めての方でも簡単に使用できるよう、グラフィカルユーザーインターフェース（GUI）を採用しています。プリセットされたプログラムを使った簡単なプロトコル調整のほか、ユーザーの皆様のご希望に合わせたカスタマイズプロトコルを作成することもできます。PatchControlHTは実験開始から実験終了まで全自動で動きますが、任意のタイミングで実験を中断し、リアルタイムで実験プロトコルの変更を行うこともできます。このユニークな機能は新規アッセイ系の構築時や、基礎研究において非常に有用です。また、本ソフトは様々な形式のファイルの読み込みに対応しているため、大量の化合物のスクリーニングにおいて、化合物情報の読み込みを簡単に行うことができます。これらの特徴から、本ソフトを使用すれば、測定に関わる作業を大幅に簡略化することができ、スループットを最大限に引き出すことができます。

データ解析はNanionのデータ解析パッケージで行います。数回のクリック作業でデータの読み込みやIV解析、化合物への濃度反応曲線の解析を簡単に行うことができます。さらにVhalfやIC50、EC50などの結果もウェルごとに解析することができ、得られたデータの平均化も可能です。ウェルごとの生波形の表示や電流値の経時変化を確認することで、目視でQCを行うこともできます。不要なデータの除外を行うと平均化されたデータやIC50、EC50などの数値も自動的に更新されます。また、複数のチップのデータをまとめて解析することができるので、異なる日に行った実験のデータをまとめて平均化することもできます。